Ogród powstawał stopniowo. Na początku lat trzydziestych XX wieku las porastający zbocza został wykarczowany, a teren po nim przeznaczony na grunty orne. Powierzchnia równinna była użytkowana rolniczo. Obok zabudowań gospodarskich urządzono ogród ozdobny.

Taki sposób użytkowania ziemi trwał od 1935 do 1971 roku. Od 1972 roku rozpoczał się intensywny rozwój ogrodu ozdobnego. Do 1982 roku jego kolekcje zwiększały się do 455 taksonów roślin zielnych i drzewiastych. Stale powiększająca się liczba taksonów i usystematyzowany układ kolekcji, doprowadziły do ukształtowania się ogrodu o charakterze botanicznym. Od 1983 roku zaczęto używać nazwy Gołubieński Ogród Botaniczny. w 1984 roku Ogród został wprowadzony do gminnego planu zagospodarowania przestrzennego Gminy Stężyca, w powiecie kartuskim.

W Ogrodzie uprawianych jest obecnie około 4 tysięcy taksonów roślin naczyniowych pochodzących z różnych obszarów Ziemi, w tym około 150 gatunków chronionych. Są wśród nich rośliny wpisane do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin (50 taksonów).

Zbiory roslinne są podzielone na 5 działów: ekologiczny, roślin leczniczych, roślin ozdobnych, arboretum i zadrzewienia. Rośliny są zgrupowane zgodnie z naturalnymi zbiorowiskami i obszarami występowania na Ziemi.

Do najbardziej rozbudowanych działów należą dział ekologiczny, dział roślin ozdobnych i arboretum.